Доласком младог братства, које је ускоро постајало све бројније, средином деветесетих година, указала се потреба да се старе манастирске зграде обнове, као и да се нове изграде. Најнеопходније је било да се обнове монашке келије у старом Милошевом конаку и да се уведе централно грејање. Ускоро су изграђене радионице за иконопис и дуборез. Обновљене су помоћне зграде и повећана је активност на манастирској економији, тј. засађени су нови воћњаци, баште са поврћем и повећан је број стоке.
Неколико година после конфликта на Косову и Метохији, чим је то било могуће, настављени су радови на обнови. У потпуности је реконструисан Леонтијев конак 2004. - 2005. године, уз помоћ Агенције за развој Италијанске владе. Уз помоћ Владе Републике Србије, 2006. - 2007. године је изграђена велика централна котларница, са пространим магацином и новом дуборезачком радионицом опремљеном најсавременијим машинама за обраду дрвета, као и нова савремена кухиња.
С обзиром на нестабилну и променљиву ситуацију у којој манастир живи, указала се потреба за појачаним спољним зидом око манастирског имања. Један део зида око манастирског имања је изграђен у периоду 2008. – 2009. године уз помоћ бројних донатора из читавог света.
Највећи грађевински пројекат у новијој историји манастира је сигурно и реконструкција Призренског конака. Првобитни конак, иначе изграђен крајем 19. века уз помоћ чувених призренских трговаца, потпуно је уништен у пожару 1949. године. У преиоду 2010. - 2013. овај конак је обновљен уз помоћ пре свега Норвешке владе, а потом и донација владе Републике Србије, фонда Европске Уније и других донатора.
Братство манастира Високи Дечани осећа посебну одговорност да сачува и унапреди ову светињу у неизвесном и тешком послератном времену, тако да радови на обнављању манастирских здања и даље трају. Радове на градилишту надгледају поједини монаси који активно учествују у пословима везаним за градњу нових објеката, а приликом радова на обимнијим пројектима, у посредном смислу, укључено је читаво братство.
