Почетак 19-ог века су испунили многи ратови и немири на Балкану. Слабљење Отоманске империје и појачане репресивне мере њених власти према хришћанима осетиле су се и у Дечанима: митрополит Захарија је затворен, а неколико дечанских монаха је убијено 1821. године. Од средине 19-ог века, међутим, насиља су постала неиздржива. У писмима српским кнежевима и руским царевима Дечанци очајнички моле да их узму у заштиту како од та, који су, користећи нередовно стање, нудили манастиру покровитељство и новчану помоћ у замену за прихватање уније. Српско-турски ратови (1876 - 1878) и оснивање албанске лиге у Призрену (1878.) донели су нове невоље и страшне зулуме који су десетковали српско становништво по селима.
Због убистава која су се десила у међусобном обрачуну Албанаца - дечанских војвода који су штитили манастир и Малисора који су дошли да га пљачкају, Високи Дечани су се нашли у правој двогодишњој албанској опсади (1901 - 1902), а у манастиру је била смештена турска посада од двадесетак војника са задатком да га чува.
Страдaње монаха
Међународна ситуација, обележена ривалством Аустро-Угарске и Русије око зона утицаја у Старој Србији и Македонији, додатно је оптерећивала положај српског живља. Ни тако способни игумани и архимандрити као Сераfiм Ристић, Сава Дечанац или Рафаило Матинац нису могли много да учине. У Поменику манастира Дечана се могу прочитати овакве белешке: поред имена јеромонаха Висариона - убијен 24/12. 1903. арнаутами, поред јеромонаха Руфима - убијен у Гориочи 8. августа 1907. арнаутами, поред Милоша - погинуо 10. нов. 1896. г., поред Николе - 1905. погину.
Слободу Високим Дечанима је донео рат балканских држава против Турске. Црногорска војска, предвођена генералом Јанком Вукотићем, растерала је одреде Албанаца и свечано, уз јеку звона, ушла у манастир 20. новембра 1912. и поклонила се моштима Св. Стефана Дечанског.
