Το ηγουμενέιο, το οποίο κτίστηκε ανάμεσα στα 1786 και 1789, συνδέεται στη δυτική της πλευρά με την τράπεζα, ενώ η είσοδος της βρίσκεται απέναντι στη βόρεια είσοδο της εκκλησίας. Την εποχή του ηγουμένου Αντίμωνα, το 1851, προστέθηκε το δεύτερο πάτωμα του κτηρίου. Αυτό το πάτωμα κατασκευάστηκε με τον ίδιο τρόπο όπως και το κάτω, με κελιά στραμμένα προς την αυλή της μονής και μ’ ένα διάδρομο δίπλα στον εξωτερικό τοίχο. Στα διαμερίσματα του Ηγουμενείου υπάρχει και η Βιβλιοθήκη της μονής η οποία χρησιμοποιείται και ως χώρος συνεδριάσεων ή συναντήσεων με επίσημους προσκεκλημένους.
